El golpe de estado iniciado el 16 de setiembre de 1955, tuvo la participación decisiva de oficiales del ejército y la marina, pese a que las fuerzas militares leales al gobierno eran notoriamente superiores. Fue encabezado por el General Lonardi, representante de los grupos católicos y nacionalistas, y su acción se desarrolló en la ciudad de Córdoba.
Lonardi asume como presidente provisional el 21 de setiembre, proclamando que no hay “ni vencedores ni vencidos”. Su política duró dos meses. Los militares liberales y la oposición no querían dejar ni rastros del peronismo. Comenzará un período de represión política del peronismo, que encubría muchas veces un odio social y un enfrentamiento de clases manifiesto. Asume el General Pedro Eugenio Aramburu y como vicepresidente el Almirante Isaac Francisco Rojas.
Argumentando la defensa de la democracia, intervienen la CGT, disuelven el Partido Peronista, proscribe las actividades políticas de los peronistas, prohibió el uso de sus símbolos y arrestó muchos dirigentes. Anuló por decreto la Constitución de 1949 y reinstaura la de 1853. Presidida por Rojas, se forma una Junta Consultiva Nacional, conformada por dirigentes de partidos políticos antiperonistas.
El peronismo organizó la resistencia: huelgas severas, sabotaje de la producción y desobediencia civil fueron sus armas. El 9 de junio de 1956 se organiza la rebelión armada al cargo del General Juan J. Valle. Hubo más de mil arrestos, y 38 fusilamientos, todos antes de dictar la ley marcial. Esta acción profundizó la división.
La convención constituyente de 1957 obligó a reinstalar el artículo 14 bis. De todos modos el golpe fracasó en su intento de desperonizar al país.